Fullmäktige är JF:s högsta beslutande organ och fattar beslut i föreningens alla viktigaste frågor. Det består av 21 ledamöter som väljs av föreningens medlemmar för varje verksamhetsår.
 
Styrelsen är föreningens verkställande organ och består av åtta personer: sex ledamöter samt föreningens presidium. 

Presidiet består av en ordförande och en vice ordförande som båda arbetar på heltid.
 
JF har runt 60 tjänstemän varav de flesta är organiserade i utskott men det finns även en fristående tjänsteman som inte är organiserad i ett utskott.
 
JF:s rådgivande organ består av inspector, proinspector och seniorskollegium vilka hjälper till då föreningen ställs inför svårare frågor. 
 
Valnämnden är det organ som arrangerar JF:s fullmäktigeval medan valberedningen bereder alla kandidater som söker tjänstemannaposter på JF.